Der Ort Denklingen gehörte zum Hochstift Augsburg. Seit 1803 gehört der Ort zu Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde. 1888 wurde Denklingen Bahnstation an der Strecke Landsberg-Schongau. 1984 ging der Anschluss an das Eisenbahnnetz mit der Einstellung des Personenverkehrs auf der Strecke wieder verloren.
Im Gemeindebereich von Epfach befand sich bereits zur Römerzeit die Ansiedlung Abodiacum.